Bekendtgørelse om Havnaturfonden etablerer formelt Havnaturfonden som et sekretariat i Miljøstyrelsen. Juridisk set er der ikke forskel på Havnaturfonden og Havnaturfondens sekretariat. I bekendtgørelsen anvendes derfor kun Havnaturfonden. Bekendtgørelsen nedsætter endvidere formelt et uafhængigt rådgivende udvalg til Havnaturfonden. Endvidere fastsættes udvalgets opgaver samt en meget minimalistisk forretningsorden for udvalgets arbejde. Udvalget kan selv fastsætte en mere detaljeret forretningsorden. Bekendtgørelsen fastsætter derudover rammerne for Havnaturfondens etablering af en tilskudsordning. I lov om etablering af Havnaturfonden forpligtes miljøministeren til at udvælge naturgenopretningsprojekter i det danske havareal, hvor det vurderes som sandsynligt, at projekterne vil være omkostningseffektive og vil have en positiv og langvarig effekt for havnaturen. Bekendtgørelse om Havnaturfonden delegerer ministerens beføjelse til at udvælge naturgenopretningsprojekter til Havnaturfonden. Havnaturfonden kan - ud over at kunne yde tilskud til naturgenopretningsprojekter – også kan støtte projekter, der fremmer sameksistens mellem natur og udbygning af vedvarende energi på havet. Iht. Aftale om etablering af Havnaturfonden (i afsnittet om udvælgelse af indsatser) skal Havnaturfonden under inddragelse af det rådgivende udvalg årligt udarbejde forslag til indsatser for det kommende år samt forslag til indsatser, som går over flere år. Det fremgår endvidere, at forslag til politisk beslutning skal udarbejdes i august/september hvert år. Aftaleparterne træffer årligt beslutning om igangsættelse af nye indsatser i regi af Havnaturfonden. Havnaturfonden vil annoncere nærmere information om tilskudsordningen på Miljøstyrelsens hjemmeside, når den åbner for ansøgning.