Energistyrelsen er ansvarlig for at føre Affaldsregistret. Det offentlige register er gebyrfinansieret. Bekendtgørelsen fastsætter satsen for de gebyrer, der skal betales af virksomheder, som registreres i Affaldsregistret. Gebyret dækker omkostningerne ved etablering, drift, vedligeholdelse og administration af Affaldsregistret.